Profesor Jerzy Duszyński prowadzi duży zespół naukowy, który efektywnie zdobywa granty badawcze – Pracownię Bioenergetyki i Błon Biologicznych w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN i od lat współpracuje z licznymi światowymi ośrodkami naukowymi, m.in. z Instytutem Badań Biomedycznych w Barcelonie, Burnham Institute w San Diego i Uniwersytetem w Magdeburgu. Był Przewodniczącym Rady Naukowej, Kierownikiem Zakładu Biochemii Komórki oraz wieloletnim Dyrektorem Instytutu Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego PAN. Jest także członkiem komitetu Science and Society FEBS (Europejskiej Federacji Towarzystw Biochemicznych) i Board of Trustees Instytutu for Research in Biomedicine w Barcelonie oraz członkiem kierownictwa, koordynatorem Polskiej Sieci Biologii Molekularnej i Komórkowej UNESCO/PAN, a także był członkiem Międzynarodowego Komitetu Doradczego przy Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej.
W latach 2007-2008 pełnił funkcje wiceministra w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Od kwietnia 2014 roku uczestniczy w pracach Komitetu Polityki Naukowej, trzynastoosobowego organu doradczego Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jest członkiem Prezydium PAN, Dziekanem Wydziału Nauk Biologicznych i Rolniczych w kadencji 2011-2014, inicjatorem spotkania dziekanów i przewodni- czących Rad Kuratorów wszystkich wydziałów PAN.
Zasiada w komitetach redakcyjnych wielu wiodących czasopism naukowych. Jest autorem serii podręczników biologii licealnej oraz współautorem encyklopedii szkolnej „Biologia: Jedność i Różnorodność” oraz licznych artykułów w prasie specjalistycznej, m.in. publikowanych w „Science”. Był zapraszany do wygłoszenia wykładów sympozjonalnych na wielu międzynarodowych zjazdach naukowych. Wiele z nich organizował. Recenzent licznych konkursów europejskich i ewaluator europejskich organizacji naukowych, np. Czeskiej Akademii Nauk.